참치, 골뱅이 등이 든 통조림 식품은 뚜껑을 딴 후 제대로 보관하지 않으면 건강에 해로울 수 있다. 먹다 남은 통조림 식품을 그대로 냉장고에 보관할 경우 제품이 변질되거나 식중독 균에 노출될 확률이 높아진다.

통조림 캔은 식품과 접촉하는 내면이 녹스는 것을 방지하기 위해 에폭시 수지 코팅이 되어 있다. 하지만 뚜껑을 딴 채로 보관하면 미생물에 오염될 수 있고, 과일통조림에 주로 쓰이는 주석도금 캔은 외부 산소와 접촉하면 쉽게 부식된다. 통조림 캔에 내용물이 남았으면 별도 용기에 음식을 옮겨 보관해야 한다.

간혹 통조림캔을 가스레인지 위에 올려서 조리해 먹는 경우가 있는데, 달궈진 용기에서 비스페놀A가 용출될 수 있어 위험하다. 비스페놀A는 체내에서 내분비계 교란을 일으킬 수 있는 환경호르몬이다.